在清代职官体系中，总督与尚书同属从一品官员。就律法层面而言，二者并无明确的上下级隶属关系。然而，于特定政务范畴内，总督与巡抚需依循各部既定规制履行职责。

从政务实操层面审视，各省督抚在行政事务往来中，与吏部、户部及刑部的业务交互最为频繁，而与礼部、兵部和工部的关联相对有限。依常规理政逻辑，吏部执掌人事管理职权，于官僚体系中占据关键地位，其职能与官员的仕途发展紧密相连。

然而，在清代的官僚体系中，督抚这一阶层对吏部并未呈现出高度的敬畏态势。督抚作为执掌地方军政事务的封疆大吏，其职位一旦出现空缺，需由皇帝亲自选派任命，在此过程中，吏部所能发挥的实质性作用极为有限。鉴于此，吏部在根源上难以对督抚形成有效的制衡，自然也就难以在督抚任免等事务上拥有足够的话语权。

在清朝的行政体系中，各省督抚对中央各部存在不同程度的忌惮。从行政实际运行角度剖析，于太平天国运动之前的清王朝，刑部在诸多部院中，对各省督抚的制约作用尤为显著，此制约甚至深刻关联到督抚们的切身利益。基于此，各省督抚皆以“大部”尊称刑部。需知，在公务往来中，若督抚不慎得罪刑部，将会面临诸多风险与不利局面。

刑部之所以能令督抚心生忌惮，在于其握有“部驳议处”之权。此权力影响深远，其威慑力主要体现在以下几个维度：

【其一、在重大案件上，刑部凌驾于督抚之上。】

重大案件，通常界定为涉及充军、流放、发遣等刑罚之上的刑事案件。就流程而言，地方官府需历经逐层细致审核，随后由督抚汇总得出最终意见。此意见虽呈送皇帝定夺，但在此过程中，刑部扮演着极为关键的角色，对案件走向有着重要影响。

在封建王朝的决策机制中，皇帝于诸多决策环节，尤其在刑事案件的处置决策上，往往对刑部的专业见解极为倚重。故而，在多数情形下，最终的裁决多以“依部议”的形式呈现。此即表明，在刑事领域，刑部实际上握有最终的决定性话语权。

若都督所提见解契合法理，则依循法律定罪量刑，此事自无大碍。然而，诸多情形下，督抚群体因并非司法专业领域出身，对于各类律例的认知与把握存在局限，致使在司法实践中，时常出现量刑畸重或畸轻的状况。

若司法流程中出现疏失，其后果将极为严重，彼时刑部会责令督抚重新展开审理。于清代行政话语体系里，当刑部与督抚在案件意见上存在分歧时，此情形被称作“驳”。从行政层级角度审视，二者存在一定程度的上下隶属关系。

【其二、刑部附带有处分建议权。】

对于督抚而言，案件遭驳回重审堪称棘手难题。从声誉层面来看，此情形易致其在同僚与君主眼中呈现出能力欠佳之态，颜面受损。从程序方面而言，重审设有严苛时间限定，督抚往往需争分夺秒、竭力应对，且重审结局充满不确定性。若重审结论仍难获刑部认可，所引发之后果将极为严峻。

在案件被发回重审之际，刑部会依据相应律例，就各级承审官员之情形，向朝廷呈交处分建议。于清代，因皇帝对刑名事务极为重视，故而对官员惩处力度颇大。通常而言，一旦刑部提出处分意见，各级官员便会受到与之对应的处罚。

据清代相关案例所示，在司法审判领域，督抚若出现审判偏差，遭受惩处屡见不鲜。惩处力度存在梯度，轻者予以罚俸之惩，重者则施以革职之措。鉴于此，督抚及地方各级官员对刑部秉持着高度的敬畏态度。

晚清之际，官僚体制已然呈现严重的腐败态势，官场氛围弥漫着浓厚的人情关系网络。刑部作为重要司法机构，却悖离常规行政准则，为彰显自身权威，时常无端吹毛求疵，对地方督抚等官员刻意刁难，全然不顾行政秩序与公正原则。

历经岁月沉淀与政务历练，各省督抚逐渐明晰，于各类事务处理中，需对刑部予以充分尊重。以道光年间为例，时任陕西按察使的张集馨，曾处理一起案情明晰、证据确凿之案件。在此类案件中，稍有法律常识之人，皆能准确断案，而不致误判。

然而，初入官场的张集馨，因对官场复杂的运作规则尚未谙熟，仍秉持常规的司法流程，将相关事务呈报至刑部。岂料，此举引发刑部的严厉批驳。

张集馨对此深感困惑，不得其解。彼时，身为陕西巡抚的林则徐，为其剖析解惑。林则徐郑重告诫张集馨，各省在审理各类案件之际，理应对刑部堂官予以适当尊重。若各省官员皆秉持依法行事、光明磊落之态，长此以往，刑部的职能与权威恐将形同虚设。

林则徐之意，实指张集温在案件审理进程中，需有意预留若干可被察觉之疏漏。如此一来，刑部方能在司法流程中凸显其职能作用。即便案件遭刑部驳回要求重新审理，基于此策略，刑部亦不会对其刻意刁难。此即处理事务时，应充分考量为上级重要部门预留操作空间之要义所在。

在中央六部架构中，除却刑部之外，户部在特定政务流程上对督抚亦形成一定程度的制衡。具体而言，这种制衡作用集中体现于“奏销”这一关键政务环节。

相较于刑名，钱粮事务虽具重要性，然其专业门槛相对较低。各省收支皆有既定额度，若无特殊情形，通常鲜少出现重大舛误。仅在每年奏销之时，即地方财政开支向户部进行报销之际，督抚才会受制于户部的监管。

然而，此类制约效力颇为有限，究其本质，乃是户部书吏为谋取私利，对地方官员刻意刁难。于督抚而言，凭借财政资源足以化解的问题，皆不足为惧，几名户部书吏所带来的阻碍，实难构成实质威胁。