1952年春天，彭总为了治疗头部的囊肿，从抗美援朝前线回国，进行了一个小手术。这个手术难度不大，很快伤口也就痊愈了，但因为半岛战线已经稳定，最终停战只是时间问题，所以毛主席干脆把彭德怀留在了北京，主持军委日常工作。
彭总主持军委，一共持续了7年时间，直到1959年夏季卸任。当时彭德怀是以国防部长身份，负责主持军委的，建国初期国防部与总参谋部在同一座办公楼，上下只差一层。国防部属于政府机构，归国务院管辖；总参谋部属于军队系统，是解放军总部八大部之首。但很明显，这两个部门其实都是“军机要地”。
1954年，在解放战争中功绩显赫的粟裕同志，得到毛主席青睐，升任全军总参谋长，跟彭德怀的联系多了起来。为什么说是“多了起来”呢？因为这对将帅，在此之前只能算是君子之交，没在同一部队体系里待过，彭总虽军内地位高，但也很少直接领导粟裕。
粟裕红军初期职务较低，而彭总在井冈山时，已经是中央红军重要指挥员了。1928年粟裕就见过彭德怀，作为连长在台下看老总做报告，所以那时候的彭德怀，严格来说谈不上“认识”粟裕。而从红军开始长征、到新中国建立，因为身处不同战区，两人十多年间没见过几次面，哪有什么深交？
不过随着粟裕打出的好仗越来越多，到解放战争时，已经是我军内屈指可数的军事天才，经常被全军嘉奖‘’远在西北的彭总，得知粟裕取得的不凡成绩，自然也感到赞叹和欣喜。1954年开始近距离共事后，彭德怀对于粟裕自然是很客气的，也愿意听取他的军事建议。
但随着时间推移，两人间工作上的“不默契”，逐渐显现了。1955年6月的一天晚上，国防部长彭德怀读罢一封电报，顿时雷霆震怒，拍着桌子让工作人员马上去核实：是谁下了这么“胆大包天”的命令？
这份电报来自南京军区，原本只是对上级工作安排的回复，似乎没有什么特别的，但彭总却在里面发现了不寻常的信息。
原来南京军区的电报中，表示：攻打马祖列岛的任务，1955年之内恐怕无法部署完成；准备工作十分繁琐且重要，不宜操之过急，建议准备至少1年半左右，主客观条件成熟再采取行动。
彭总为什么生气？难道是因为下属军区讨价还价，执行任务时讲条件？非也。这时候大陆解放多年了，但台湾等岛屿问题，因为众所周知的原因耽搁至今；加上朝鲜战事未停，东南沿海牵一发动全身，急是急不来的。彭总作为军委首长，怎么会不知道这个道理？
况且南京军区司令员是许世友，军事经验很丰富，人家也没说不能打，只是有理有据地分析准备工作，结合实际困难谈自己的意见而已，彭总自然不会因为这几句话就发脾气。
真正的问题在于：谁让打马祖列岛的？毛主席做出过指示，军事问题要结合国际形势。万隆会议刚开完不久，各国非常重视新中国的动向，这对我们是很好的外交机遇、但也是挑战。在近段时间，解放军不要发起大规模的军事行动，以免造成外交被动。
而且彭德怀作为国防部长，本月从未做主、也见过发往南京军区的总部相关文件，究竟是谁要求许世友对马祖动手的？所以这才是关键所在，彭总赶紧让下属去追查，是哪个部门哪个首长，给南京军区下达了这样的命令。
其实问题不难查实，因为有可能发号施令的中枢部门，除了国防部自己，就是同在一栋楼上办公的总参谋部了。陈赓是分管作战事务的副总参谋长，又跟彭德怀极为熟悉，所以很快他就被叫到了彭总的办公室。
陈赓看过南京军区的电报后，基本已经明白了原委。原来在几天之前，粟裕召集陈赓、王尚荣，以及福州军区、南京军区的相关干部，讨论过解放马祖列岛的准备工作，当时没有国防部的人在场。许世友也不在，但军区的同志回去传达工作，令许世友产生了顾虑，认为难度太大。
有时候人不在现场，传达细节就会有偏差。粟裕的本意是研究可行性和准备条件，不是马上开打，但许世友误解了这层意思，回电报时把今年完成战役准备，搞成了今年准备发起作战，还给国防部和总参谋部各回了一份电报，这便导致不明就里的彭老总大发雷霆。
陈赓的情商是很高的，忙对彭总解释了事情经过。尽管如此，彭德怀余怒未消，仍然不认同总参谋部的工作方式：绕开军委和国防部，去跟大军区对接这样敏感的战备事项，还令下属产生了误会，影响是很不好的。彭总认为，粟裕既然是总参的最高领导，不管传话过程中有没有纰漏，他牵头做这样的事，就不够妥当。
这背后还有个问题，粟裕太不会避嫌了。解放战争中，三野的主要活动区域就在华东一带，南京军区和福州军区，无论官兵，大部分都是老三野留下的人。现在粟裕直接把两个军区的干部叫来安排任务，是不是应该叫上国防部一起呢？至少提前知会一下是可以的吧。身居高位、做事又太高调独立，就算当事人内心没有这种倾向，也难免容易惹上“擅权”的猜忌。
这件事在彭总心里，种下了很不好的印象，此后与粟裕之间的工作矛盾，逐渐增多。因为两大部门权责冲突，沟通又不是特别顺畅，到后来彭德怀甚至几次当面批评粟裕。国防部和总参的同事之间，大多知道两位首长的紧张关系，都在一个楼上办公，气氛很是尴尬。
1958年粟裕大将遭受批判，被免去了总参谋部长职务，降职派到新单位军事科学院，也就此告别了军队领导权；总长换成了黄克诚大将。彭总在那一年的军委扩大会议上，着重提到了粟裕工作中的一些失误，其中的一条，就是3年前的擅自部署“攻打马祖列岛”，可见彭总始终没有忘记那件事。
其实彭总和粟裕，都是难得的军事天才，战绩也非常过硬，为什么彼此配合不好呢？他两人的思路，确实是有区别的，冲撞在所难免。
从红军开始，彭德怀指挥的红三军团就是中央红军的开路先锋，承担最危险的任务；解放战争中他的部队也主要在陕北附近活动，离中央非常近，所以彭总看似为人脾气刚烈，其实他并非粗线条的人物，做决策非常慎重，考虑问题全面。位置和任务决定了，彭总必须顾大局。
粟裕则不同，军事生涯的经历，决定了他擅长打险仗、绝处逢生的特点。这种风格成就了粟裕战争年代的惊人功绩，也延续到了建国后。他虽是总参谋部长，但绝非那种不求有功、但求无过的干部，在和平年代，满脑子也都是军事策略和作战准备。55年的那件事，可以算是一个缩影。
客观来看，彭总战略高度要比粟裕更高，考虑问题也更全面；粟总长则保持了单纯的军人特征，建国初期未必能像彭老总那样作风稳健、驾轻就熟。当然1958年反教条主义和反个人主义批判，已经被历史证明是过火的，晚年他的党政军地位有所提高。
58年粟裕被免去总长职务，对军队而言是非常可惜的，他是公认的擅长指挥大兵团作战的优秀将领。如果没有发生变故，粟裕后期有可能在军委担任重要职务，逐步发展成人民军队的重要领导者，他比开国元帅们，有着年龄和体力优势。
尽管如此，作为解放军开国大将之首，粟裕仍然非常受到后世军民的敬仰和爱戴，尤其他一生人品无缺，连网络上都很难找到对粟裕的任何负面评价，这点特别令人佩服。
