唐朝时期与阿拉伯世界之间的交流活动是非常频繁的，为穆斯林文化和伊斯兰教在中土传播提供了机会。最初广州和西安的商贸活动，穆斯林逐渐在中国生根发芽，成为商贸和文化交流的重要组成部分。公元879年-884年黄巢起义给穆斯林群体带来了毁灭性的打击。特别是发生在广州的穆斯林社区的黄巢攻占和屠杀事件，直接摧毁了当地的商业贸易，还一度中断了中阿之间的海上丝绸之路。

早在初唐时期，阿拉伯商人便开始通过丝绸之路与中国进行贸易，广州作为南方的港口城市，成为了阿拉伯商人的主要定居地。随着贸易的扩大，伊斯兰教作为阿拉伯商人的信仰教派，也在广州、长安等地扎下了根。在唐朝中晚期大食帝国的崛起，中国与中东地区的贸易联系越来越频繁，穆斯林商人不仅从事贸易，还有的在朝廷中做官。

五代时期有许多“土生波斯人”就在中国生活。比较有名的如李珣、李玹等人在蜀中地区地位显赫。穆斯林融合在唐代社会中，同一时期，广州的穆斯林社群也开始逐步拥有自己的清真寺和宗教领袖。

正是这些穆斯林社群，在黄巢起义中遭遇了巨大的打击，直接影响了穆斯林群体在中国的发展。

唐僖宗乾符六年（公元879年）爆发黄巢起义，最初是由于民众对统治阶层腐败和压迫的不满而引发的农民运动。黄巢从起义初期的农民领袖，渐渐成长为具有强大军事力量领导者，并最终占领了广州。

黄巢的进攻给穆斯林商人及其家族带来了灭顶之灾。根据阿拉伯历史学者的记载，黄巢在攻占广州后，进行了大规模的屠杀，其中包括穆斯林、基督徒、犹太人及其他异教徒。据马苏迪的记载，黄巢屠杀了多达20万人，其中不少是阿拉伯商人和其家族成员，这场屠杀对广州穆斯林商业与文化根基的毁灭性打击。

广州是中国对外贸易的重要港口，丝绸与珠宝、香料、药材的贸易一直是阿拉伯商人的主要利润来源。随着黄巢的屠杀，广州的商业活动基本处于停滞状态，向阿拉伯世界的丝绸出口数量急剧减少。马苏迪的记载还指出，黄巢破坏了广州周围的桑树种植园，这一行为直接影响了中国丝绸的生产，最后使中国与阿拉伯国家的贸易中断。

这一系列的打击，广州的穆斯林社群几乎完全消失，也让中国与阿拉伯世界的商业联系遭遇了长时间的中断。

黄巢起义之后，广州的穆斯林商人基本退出了中国市场。广州的阿拉伯商人的聚集地，“蕃坊”地区，在战乱中衰落下来。失去了商业的穆斯林社区，很难再维持原有的社会和宗教活动，伊斯兰教在广州的传播也因此停滞。

黄巢起义后，阿拉伯商人对中国的信任大幅下降。唐朝官方在黄巢死后努力恢复与阿拉伯世界的联系，但由于广州商贸基础的破坏以及穆斯林群体的灭亡，阿拉伯商人不再愿意冒险进入动荡不安的中国市场。黄巢起义的暴行，使得许多穆斯林商人对于中国市场产生了极大的恐惧，不再愿意与中国进行长期合作，这导致了中阿贸易关系的长期停滞。