1998年县级亳州市正式从阜阳市划出，由安徽省直辖。2000年，撤销县级亳州市，设立地级亳州市，并将阜阳市管辖的涡阳县、蒙城县、利辛县划归新设立的地级亳州市管辖。

毫州从阜阳分离出仅仅二十多年，毫州就从农业大县华丽转身，成为大名鼎鼎的“中华药都”。2023年，毫州中药材交易额突破1500 亿元，占据全国三分之一的份额，成绩斐然。与此同时，阜阳也没闲着，凭借160平方公里的建成区和160万城区人口，在装备制造领域强势崛起，打造出千亿产业集群。

这两座城市之间的联系妙不可言。毫州70%的物流要通过阜阳枢纽发往全国各地，虽说两地GDP 总量相差不到200亿，可在产业发展上却实现了完美互补。

由于人均耕地不足，皖北地区诞生了极为密集的劳务输出网络。阜阳860万户籍人口里，有260万人在外闯荡；亳州每年也有50万药商奔波全球。这种勇于“向外突围”的精神，让当年的“分家”变成了共同成长的新起点。

曾经的分离，反而成就了如今毫州中药与阜阳制造双星闪耀的局面。