乌什叛乱，阿桂和明瑞请求将当地居民发配伊犁屯田，生杀大权只能执掌于皇帝，他们居然替皇帝做主。乾隆大为不满。但是为了面子也不能再加杀戮。于是下旨要求将这些人全部发配到内地为奴，路费和押送费用由阿桂和明瑞承担。阿桂知道后立刻把这些人全部处死。

乾隆年间平定新疆后，对于南疆采取了满洲官员和本地贵族结合的方式。东疆哈密一带早就归附了清朝，所以清廷大量派遣他们到南疆各地担任伯克。这些人不是本地人，对当地的民众极度压榨，引起了民众的不满。

乾隆三十年，乌什办事大臣素诚的儿子要回内地，就派遣当地的小伯克赖和木图带着200人一路护送。赖和木图的妻子曾经被素诚的儿子强行带回家凌辱，早就怀恨在心。于是就带人连夜商议。

二月二十五日，当天夜里，赖和木图带着人向清军袭击。事起突然，素诚父子被杀，当地大伯克阿布都拉被抓。起事后，他们把居民迁移到城里，构建工事，抵抗清军。

乾隆收到奏报后，立刻要求伊犁将军明瑞带兵镇压，同时要求南疆大臣纳世通前往调查事情原因。

纳世通并没有太当回事，他本来就在南疆，想独自占了功劳，于是在明瑞抵达前，就派兵前去平叛，但是大败而回，炮都丢了几门。乾隆得知后非常愤怒，认为全城百姓都在叛乱，要求平叛后，男子全部格杀，女子押到伊犁做奴。同时派遣阿桂前去督战。

明瑞于当年的闰二月二十七日，也就是叛乱的一个月后抵达了乌什城。包围了整个城池，毁掉了城外生活设施。但是因为城池坚固，一直没有打下来。准噶尔时期，准噶尔人三万大军围了九个月也没有打下来。明瑞准备采取长期围困的方式。

但是却引起了乾隆的不满，认为明瑞能力有限，多次发上谕责骂。

其实前线的清军早就知道当地的粮食不多，快要崩溃了，于是在城外再筑新城，围住了乌什城。长期的围困引起了内部的混乱，内部出现了分裂。

八月初十，主和派抓拿了反叛的头目向清军投降。清军入城后，把头目凌迟处死，小头目全部当众正法。其余三千多人和妇女儿童一万多人，送到伊犁屯田。

乾隆收到明瑞和阿桂的报告后，极度不满。痛骂二人“该杀的，把这三千个人就交给明瑞和阿桂养着，让他们自己掏钱养。”骂完后，觉得也不是办法，就再次发旨，要求把他们送到内地，给内地大臣为奴。路费和押送费用还是由明瑞和阿桂承担。

明瑞和阿桂看到后，立刻下令将这些人全部处死。并向皇帝请罪。乾隆知道后下旨道：“这两个家伙要做好人，不愿意杀生。现在让他们出路费，就立刻不装了，真是卑鄙不堪。”