他的病很奇怪，死前也很悲惨，这让后人对他的病情有了很多猜测。
根据同治帝的师傅翁同龢的笔记，他说：“1874年十一月二十九日，同治帝赴西苑怡游，途中受了风寒，当时他还以为只是风寒，不料他的病情突然加重，全身都起了红疹。”
太医李德立等人经过会诊，确定他得的是天花。
天花曾经是大清的一大祸害，早在清初，许多皇亲国戚都得过这种病，顺治帝就是因为得了这种病才病逝的。康熙之所以登上皇帝宝座，就是因为他得了这种病以后，精神神奇的不治而痊愈。
康熙帝在位时，天花仍是满清的祸患，康熙为使后辈子孙免于此病，甚至不惜以宫中女子为试验对象，发明了一种“痘苗”。
试验成功后，他下令，所有的皇亲国戚，都要在幼年时期进行痘的接种，以防止他们长大后得天花。
不过，疫苗接种技术也不是万能的，有几个身体素质不错的皇子，在接种了疫苗后，也会因此而英年早逝。
到了清代晚期，因为人口稀少，所以为了保险起见，宫中对疫苗接种都是不闻不问，不像早期那么严格，这也是晚清时期，皇亲国戚得这种病的人越来越多的根本原因。
同治帝的父皇咸丰皇帝，也是因为得了天花而去世的。所以，当御医说皇上得了天花的时候，所有人都是一脸的震惊，但是没有办法，只能选择相信。
可是，他的病情却是一天比一天严重，即便是御医给他吃了不少凉血补气的药，也无法让他排便，过了半个月，皇帝的脸上，竟然奇迹般的长出了痘。
长痘印是天花好转的一种表现，但同时治疗并不能完全治愈。
有些人开始议论起来，慈禧太后很是担心，召集大臣们商量，在皇上病重的这段时间里，他应该怎么做。
会议上，慈禧突然提到了皇宫里的流言，这让所有人都产生了浓厚的兴趣。
就在皇帝病倒的时候，宫中的人都在暗中议论，说皇帝得的是一种很可怕的病，叫做梅毒，他们又说，同治的病情，和慈禧有一定的关系。
同治年纪轻轻就登上了皇帝的宝座，皇后和恭王都在他身边，他一天天长大，被各种麻烦缠身，尤其是他的母亲慈禧，更是对他百般刁难，不让他去选皇后。
同治喜爱阿鲁特氏，慈禧则讨厌阿鲁特氏，因为她与慈安关系密切。
由于这个原因，慈禧禁止同治皇帝接近阿鲁特氏，他也拒绝与她安排的妃子们走得太近。
有一天，皇帝听到了外面的消息，知道了外面的世界很热闹，他忍不住去了几个青楼，甚至还认识了一个头牌，结果染上了不好的疾病。
这些传闻都是真的，文武百官都听说过，但碍于身份，谁也不敢说出来。
不过，虽然嘴上不说，可大家心里，还是会有一些怀疑。
慈禧听到这个流言，生怕惹祸上身，特意向群臣提起，想要证明流言不是他们想象的那样。
翁同龢的日记虽然没有写得很详细，但是我们可以推测，他提到过“同治”的品行不正。
慈禧太后看到这一幕，立即制止他说话，并当场臭骂了他一顿。
不过，在座的大臣们都隐隐感觉到，这位同治皇帝的病，似乎并没有表面上看起来那么简单。
总之，如果是同样得了天花，情况会迅速好转，可是，他的痘并没有快速的结疤，反而还在不断的往外冒脓水。
慈禧太后悲痛欲绝，哀求大臣们有什么好办法，最后在一位大臣的提议下，请来了一位年迈的太医，给皇帝上了药。
大量的白色脓液被挤出来之后，他的身体已经是“漫肿一片”，模样十分可怖。从十二月十八日起，他的腰、臀上陆续出现了脓包，并发出恶臭。
如此一来，所有人都开始意识到，除了天花之外，好像还有别的疾病。
但这时，慈禧为维护皇室颜面，执意要用医治天花的药方来医治同治的病。
而随着儿子的身体越来越差，已经没有了任何的办法，她的情绪也渐渐平复了下来。
慈禧觉得自己儿子的病已经没有救了，而且是一种极具传染性的疾病，所以她狠下心来，再也不来看他了。
慈禧生怕下人走漏了风声，还不准任何人探望。
又过了两个星期，一八七五年一月十二日，他在养心殿“一个人”去世了。而慈禧，也在第一时间，宣布了自己妹妹的儿子，正式继承大统，成为了最后一位能够住在皇宫里的皇帝，也就是光绪皇帝。
也有人说，皇帝确实死的很惨，但不管是什么原因，慈禧知道他已经没有救了，也就彻底放弃了他，毕竟是自己的亲儿子，后来慈禧的所有作为也让大家认为，因为她迷恋权力，所以才不救自己的儿子。
