集菌仪和微生物限度仪主要有以下区别：

1.集菌仪和微生物限度仪的功能不同。集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通过集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。而微生物限度检测仪一般采用不锈钢金属材料制成，配有内置或外置隔膜液泵，将供试品注入微生物限度培养器内，通过检验仪自的隔膜液泵负压抽滤，将供试品中微生物截留在滤膜上，用取膜器取出滤膜，转移至配置好的固体培养基上，菌面朝上，平贴。盖上盖子形成封闭的培养盒，置于相应的恒温培养箱内培养并计数。

2. 集菌仪和微生物限度仪的用途不同。集菌仪主要用于注射用无菌制剂的无菌检测，包括抗生素类及含有抑菌的药品、大输液、水针剂、灭菌医疗器具、无菌注射用水等。而微生物限度检测仪主要用于检测供试品中细菌、霉菌、酵母菌及需氧菌总数。

综上所述，集菌仪和微生物限度仪的主要区别在于它们的功用和用途上。