1883年，法国武力侵略中越，中法战争爆发。中法战争分为两个阶段，第一阶段是在越南北部及中越边境进行；第二阶段战火扩大到福建台湾沿海，有陆战和海战两个战场，尤其是台湾陆战最为激烈。可以说，这是近代史上台湾规模最大、历时最久、战斗最激烈的反抗殖民统治的战争。左宗棠在侵略斗争中作出了突出贡献。

1884年10月2日，法军攻陷基隆后，威胁到台北府，清政府随后派杨岳斌会办左宗棠军务，并命令杨岳斌立即带领在湖南现招的八营速赴福建，驻扎漳州泉州一带，联络此两处绅士、土勇“设计渡台，暗结台民，速图逐法之策。’’左宗棠在随后的《台湾军情吃紧请敕重臣由海道赴援折》中奏称“台湾为南北海道咽喉，关系甚大，倘有疏失，不但全闽震动，即沿海各省隘口不知何时解严。"“目前军务，实以援台为急。”

左宗棠考虑到台南的鹿耳门，有法国船只守口，不能轻易驶入，而洋面“亦时有敌船游奕，非偏师所敢竞渡。”军情瞬息千变，杨岳斌从陆路入闽，尚须时日，即使兼程前往，也恐缓不济急，主张杨岳斌统带湖南八营，由汉口搭乘轮船到上海，再由兵轮运往厦门暂泊，在探明法船行踪后“雇领台湾引港水手，由澎湖之乾仔港直达厦门鹿港停泊，将勇营分起登岸，星夜驰赴台北府城，为刘铭传策应。’’1885年3月杨岳斌趁夜间法军未察觉的情况下在台南登陆。

鉴于“目前军务，重在援台，而援台之兵，难在渡海"的局面，左宗棠饬已革总兵杨在元驰赴厦门、澎湖，侦查敌情“一俟南洋兵轮赴闽有期，再行调兵分扎马祖浜，芭蕉山等处，以图首尾牵制，不任其肆意久据。”此时法国对洋面封锁很严，往来船只中只要有公文书札纸面“悉取而投诸水’’，船只中装有军装器械立即没收销毁。

左宗棠曾经同德国商人商议雇船运兵，他们却以“有碍公法为词"加以拒绝。为了加强福建的海上力量，同时将内地的勇营运送台湾，左宗棠请求由两江和北洋各派十艘兵轮前往支援。曾国荃以南洋只能派出3艘兵舰，且这些兵舰小皮薄，经不起法国铁甲船的炮轰为由，拖延不办，最后清政府严旨“台湾信息不通，情形万紧，曾国荃竟存漠视，不遵谕旨，可恨已极，着交部严加议处。该大臣倘再迁延致误戎机，自问当得何罪?”

在受到革职留任的处分之后，曾国荃才勉强同意派出5艘前往，但这几艘战船在定海遇到法舰并与之发生战斗导致两艘被鱼雷击沉之后，就不敢前行一直滞留在浙江沿岸海港，直到中法战争结束都没有成行。李鸿章为了保住北洋水师，借口朝鲜局势恶化，中同关系进入敌对状态，“北洋轮船皆小，本不足敌法之铁船大兵船"回，拒绝调拨。

“海道梗塞，纵有雄兵，不能飞度，焦灼万分"，于是左宗棠一面饬老部下前江苏题奏道王诗正募军，组建吒洛靖援台军"开赴泉州、蚶江～带，待时机成熟后，扮作渔户，趁夜偷渡，由鹿港、梧棋等地分起上岸，并叮嘱其如果有机会可乘“准其相机行事，不必过于拘禁。回"随后派行营总理营伍处江苏候补道陈鸣志援台，会同台湾道及地方绅士妥善筹划规复基隆的办法。

1885年1月3日，刘铭传电称“连日法添船基、沪共泊船十五只，小轮除外”，法军两千多援兵源源不断到来，左宗棠这时因“无商船可雇，渔船小而畏风，非可限以时日"，对派兵“不得不加意慎重"。面对台湾处于孤立无援的困难境地，左宗棠在奏折中称“逆焰彼猖，窥伺险远，不敢以白头衰朽，贻宵肝忧勤”。

并表示准备亲自率领勇营渡海支援台湾，但这一要求未被清政府批准，当地百姓也以“防省根本重于渡台，万众攀留”为由之后，左宗棠才决定坐镇福建，为此《申报》评论说“侯相自请身临前敌，驻扎马江以便就近策应，伏思侯相以杖朝之年，总事干之责，忠勇激发，大有不破楼兰不还之概，行问诸将士宜如何戮力同仇以稍释侯相之忧勤哉。”左宗棠在面对无法及时将兵力运送台湾的情况下，即用兵船偷渡至台湾，沈应奎率军到达台湾后立刻接济前方，稳定了军心。

“惟基隆一日不克，台围一日不解，目击时艰，无船飞渡，徒深焦灼，五船原奉谕旨，归杨岳斌节制调遣。惟被困于浙江温州石浦港，未知何日方能到闽”。在闻运载勇营偷渡的轮船返航回厦门，台湾道刘墩所募七百余名士兵转至台南，王诗正、陈鸣志也业已抵达台南之后，左宗棠焦急之心才稍微平静下来。援台各军在到达台湾后，在彰化整齐队伍，立即投入到抗法战争中去。

不久左宗棠又通过洋轮、民船给台湾运送饷银五万两，并设法运送李鸿章、曾国荃和张之洞调拨的淮勇二千四百人，饷银三万两，黎意枪一千杆和若干火药军械等运往台湾。随后刘铭传和王诗正督率各营，奋力杀敌，终于稳定了台湾的局势，左宗棠积极援台对于扭转整个台湾的战局起了至关重要的作用。

左宗棠在积极援台的同时也表达了对基隆失守的关切。1884年10月1日，由法国远东舰队司令孤拔率领1l艘海军舰只，数千士兵，在舰炮的掩护下向基隆发起攻击，驻台清军奋起还击，打退了在狮球岭登岸的法军，击毙法兵四十余人，伤六七十人。正当前线将士“士志已壮，再加以犒赏，法奴登岸，可以聚而歼矣。”督办台湾事务的刘铭传鉴于马尾海战失败的教训，对法军产生巨大的恐惧，在前敌营处知府李彤恩的三次飞函中称“法人明日来攻，沪尾兵单将弱，万不可靠，"法军“攻破沪尾之后，长驱台北，台北空虚，料难抵御，若台北有失，则全台大不可问。"

刘铭传在此番语言的唆使之下，不顾在场将领的劝阻，竟连夜率主力弃逃，仅留300人守狮球岭。当刘铭传等到达淡水之后，发现敌情并不是十分严重，又急忙率军返回时，法军已经占领了基隆“奸淫掳掠，无所不为，穷民不能搬者，皆遭其劫。”法军占领基隆后，进行了弹药，粮食补给，并且以此为据点，对驻守台湾的清军不断发动攻击，使清军一直处于被动状态，法国公使巴德诺扬言“我们有希望很快地把整个台湾北部，不可动摇的置于我们的统制之下。”

对于基隆失守，朝廷大臣纷纷要求彻查失事原因，追究责任，邓承修上奏认为刘铭传“失机丧地，调度乘方”应追查其责任。1884年12月14日(光绪十年十月二十七日)，左宗棠在抵达福州后的两天，12月16日面晤福州将军、督抚并根据台湾道刘墩的禀报，向清政府上奏了《行抵闽省详查台湾情形要筹赴援折》，认为法军攻击基隆时“兵力不过五千，船不及廿艘；而我兵之驻基隆、沪尾者，数且盈万，虽水战无具，而陆战则信之。”

并认为刘铭传“老于军旅，何以一失基隆，随至困守台北，日久无所设施?”台北知府陈星屡次禀请进攻基隆，刘铭传竟以自己“无此胆识，无此兵力”谢之，“始则为李彤恩所误，继又坐守台北，不图进取，皆机宜之坐失者也。”最后深知战场失事，逃匿官员将遭到深究的左宗棠也不忙为刘铭传开脱“刘铭传之懦弱株守，或一时任用非人，运筹未协所致，李彤恩不审敌情，虚词摇惑，基隆失陷，厥惟罪魁，”并请旨“将知府李彤恩即行革职，递解回籍；不准逗留台湾，以肃军机。"

对于刘铭传，左宗棠在奏折中只是希望“速督所部克日进兵，规复基隆，毋任该夷久于盘踞。”左宗棠对于刘铭传的参劾是合适的，也许或多或少心存湘淮成见，但奏折中并没有过分要求惩办刘铭传的言辞。左宗棠甚至不把淮系的李鸿章放在眼里，怎会把刘铭传作为自己的对手，怎会因为基隆失事而去要求清政府惩办刘铭传呢?基隆的失守与刘铭传秉承李鸿章退法妥协有关，清政府在正式对法宣战之后，刘铭传即电请和议“法欲据基隆为索费地，请传致函津沪议和”。

正因为有这种思想的指导，刘铭传以“必有所弃，而后有取’’拱手将基隆送给法军，而两刘的激励斗争是基隆失守的重要原因。礼部侍郎内阁学士徐致靖奏称：“台湾督办刘铭传与刘敖不和，将帅参商，患非浅显。’’日讲起居注官左春坊左庶子锡钧称：“总兵大臣宜和衷共济也，将帅不和，兵家大忌。现在统兵大臣各分门户，左宗棠与李鸿章不和，刘铭传与李鸿章相善，刘敖与左宗棠相善，则刘铭传、刘敖不和，台湾之将帅若此"，这种局面必然导致刘铭传与刘墩的不和。

基隆的失守，作为当时督办台湾军务的最高统帅刘铭传无法推卸其责任，而存在湘淮畛域之间使他更加无法从理性上把握抗法全局，在驻台守军中排挤湘系势力；而以台湾道刘墩、孙开华为首的湘系又不满刘铭传的倾轧，加之恃左宗棠的背景，也没有把上司刘铭传放在眼里，两派相争使得台湾的守军无法团结起来对法军进行有效的抗击。

刘铭传就曾在给李鸿章的电函中说道“刘墩意在掣台"要求李鸿章向清政府施加压力将“刘墩撤去"，另外派员前往接办，并在给清政府的奏折中称孙开华部“血气之勇，若遏内地土冠，以乌合之师，仗虚嚣之气，惑可侥幸有功，如将海疆再有事，朝野采其虚声，一旦假以事权，侵扣饷项，所失尚轻，特恐贻误大局。”但就是被刘铭传诬称的军队却取得了后来的淡水大捷。

台湾道刘墩自持是左宗棠的干将，目中无人，遇事也从来不与刘铭传相商，径直越级与左宗棠联系，到处诋毁刘铭传。两刘矛盾无法调解，一直到左宗棠去世前，刘铭传才有机会上奏朝廷参劾刘墩，最后使得刘墩遭到发配边疆，刘铭传并且在台湾清其党羽，销毁其《巡台退思录》。

不管刘铭传的基隆政策是基于战略放弃还是避而不战，身为督办福建军务大臣的左宗棠都有理由向朝廷据实参奏，而这种参奏是责无旁贷的，年逾古稀的左宗棠不会因为基隆失事而去故意攻击刘铭传，只是以事论事。刘铭传对于基隆失守需要承担责任，作为统帅他应该知道寸土必争的道理。

当他在决定撤兵的时候，在场的将领包括他自己淮系的忠实将领都声泪俱下，“均以基隆有狮球岭，无险可守，若法人上安，一过山岭，则长驱直入，无可阻挡，郡城难保。”后来的事实也证明，基隆失守对于台湾整个战局产生了直接的影响，法军以此为立足点，开始了其吞并整个台湾的阴谋，并于10月23日宣布对台湾海峡进行封锁，割断台湾与内地的联系，使台湾处于孤立无援的状态。

清政府在收到左宗棠的奏折后，从台湾抗法的大局出发，谕旨说“刘铭传仓猝赴台，兵单饷，虽失基隆，尚能勉支危局，功罪仍不相掩。”要求左宗棠对刘铭传“传旨申饬"并同时要求会办福建军务的杨岳斌迅速赴闽援台，“着该前督导台后详确查明，据实参奏。”

1884年8月26日，清政府正式下诏对法宣战，左宗棠被任命为钦差大臣，督办福建军务，亲临抗法最前线，期间不顾个人安危，积极加强闽防，同时不遗余力援台。中法战争后左宗棠积极建言促成台湾建省，强调海防，促成了清政府内部关于海防建设的第二次大讨论，也直接导致了海军衙门的建立。

虽然受一些主观和客观条件的限制，左宗棠未能从根本上解决中国的海防建设问题，且他关于海防建设的观点不少过于空想，但他为维护国家利益所做出的努力是值得肯定的。纵观整个中法战争，左宗棠是一个坚定的主战派，他没有能力也不可能从根本上改变清政府当权者苟且偷生，妥协求和的路线。不过，在中法战争结束后，他对畏战逃跑刘铭传的处置是不大合理的。