1985年，在全军精简整编之前，上级调南京军区第一政委郭林祥担任军委纪委书记，其职责不言而喻。可他对当京官，表现出不太愿意去，可是深有感触的！

解放后，郭林祥的职务提拔很快 ，在1959年就成为少将中第二位担任大军区正职的将领。担任成都军区政委，后担任总后勤部政委、新疆军区政委、南京军区政委，先后在4个大军区级单位担任政治主官。

在总后勤部时间最短，从1973年到1975年调离，也是深有感触的。

郭林祥是一位迎难而上的将领，越是有困难的工作越是喜欢挑战，认为可以锻炼自己能力，提高工作能力，增加工作经验。

尽管过去担任过成都军区政委，在工作中有一定经验，可在京工作，与大军区工作不是很一样。

总后是三总部之一，历史遗留问题很棘手，他到任后展开肃清此前影响和流毒，消除派性，使得思想、作风、组织建设等都较大起色。

在此后的“批林批孔”中，四人帮到处煽风点火，公然指责三总部，其中说“总后垮得越彻底越好”。在这次运动中，最先波及的就是在京单位，使得总后工作刚理出头绪，就又乱了。

总后经常参加一些会议，经常与军委首长汇报够工作，也要与他一些人打交道，有人干预工作，让主官们不知道如何是好。工作起来比起在大军区中完全不一样。这或许就是京官不好干的原因吧。

郭林祥被调任军委纪委，是因为个人作风好，工作处理公道正派。

当杨尚昆、余秋里等军委领导得知他不想来，表示这不是某个人的决定，是组织决定，最终服从安排。

到任后，有人说纪委工作不好干，他说任何工作都有困难，只要坚持实事求是，按党的原则办就可以。

在开展工作2年个月后，他被任命总政部副主任，兼党委副书记。军纪委工作交给副书记，他把精力放在总政部。余秋里主任在国务院忙着，因此代理党委工作，总政部的工作实际他负责。