转战西北
1947年3月，胡宗南纠合23万人向延安和陕甘宁边区发起重点进攻。
当时，边区仅有部队两万余人，敌我力量对比极为悬殊。因此，郭鹏所在的第二纵队并入西北野战兵团，和兄弟部队一起担负起保卫毛泽东、保卫党中央、保卫陕甘宁边区的光荣任务。
郭鹏奉命率三五九旅西渡黄河，在彭德怀司令员的正确指挥下，配合兄弟部队首先取得了青化砭、羊马河、蟠龙三战三捷的重大胜利，打击了胡宗南占领延安后的猖狂气焰，使胡宗南扬言“3个月占领边区”的狂妄计划破产，极大地鼓舞了边区人民对敌斗争的信心。
接着，郭鹏率部继续在内线反攻，又参加了陇东、榆林、沙家店、黄龙等一系列战役、战斗，为保卫陕甘宁边区立下了丰功伟绩。尤其在陇东战役中，当西北野战军总部和主力部队遭到胡宗南、马步芳匪军合围夹击的严重关头，他和王恩茂政委以高度的全局观念，在荔镇、肖金镇坚持抗击，控制要道，不惜牺牲，连续作战，重创敌军，保障了总部和主力部队的安全转移，受到了彭德怀的高度赞扬。
1947年5月21日，彭德怀率西北野战军西出陇东，歼灭青宁“二马”（马步芳、马鸿逵）的有生力量，收复庆阳、合水，然后南下关中或北上三边，以调动胡宗南之主力，寻找战机继续歼灭敌人。
由郭鹏和王恩茂率领的三五九旅和独四旅十二团包围并攻击合水城。遭到了青马新编第八旅旅长马步銮率旅直属部队和该旅的一个团，从庆阳向合水增援。王震急令独四旅插入敌后，断其退路，给了敌人一个突然袭击，打得他们措手不及，逃回了庆阳。但另一路青马骑兵援军突然出现在攻城部队侧后。郭鹏急忙从七团和九团各抽一个连队进行阻击，但未奏效。郭鹏又赶快把七团预备队三营调上去。但三营还没有到达指定位置，便遭敌骑兵的冲击，伤亡很大。
正在此时，合水城内的守军打开城门，迎接援军进城。郭鹏听说后，心中十分着；如果两股敌军拧在一起，那城就更难攻了。他来到前沿阵地组织部队进攻。忽然，一颗子弹击中了他的手臂，鲜血直流。他让卫生员简单处理了一下伤口，仍带伤指挥战斗。因为他知道指挥员冲锋在前，就是最好的命令。在他的英雄气概鼓舞下，指战员顽强拼杀，打了一场恶仗。
战士们前仆后继，用炸药包炸开合水城门，冲进城去，和敌人展开白刃肉搏。由于敌人控制了城内制高点，部队伤亡很大。但敌人的残酷更激起了纵队指战员的斗志，官兵们越战越勇，在郭鹏的带领下，终于赢得了这场战斗的胜利。
郭鹏、李燕平夫妇
情系边疆
1949年2月，中国人民解放军统一编制，原西北野战军第二纵队这支经历过二万五千里长征，经历过被称为“第二次长征”的南下北返的英雄部队，被改编为第一野战军一兵团二军，身经百战的纵队司令员郭鹏改任军长，他的老战友王恩茂任政委。他们率部先后参加了西北战场的春季战役、陕中战役和扶眉战役等。
在进军新疆的特殊斗争中，他命令先头部队在9月中旬越过大圾山，渡过大通河，进入荒无人烟的祁连山南麓，克服风雪交加、高山缺氧等困难，以迅雷不及掩耳之势攻占甘肃民乐，仅用一个半小时全歼守敌。
尔后，郭鹏又率部连续作战，迅速占领河西重镇张掖，并与由兰州西进的第二兵团会合，迫使国民党西北长官公署总部及两个军在酒泉宣布起义。随后兵临新疆。在中国共产党英明政策感召和大兵压境的形势下，国民党新疆警备总司令陶峙岳将军和省政府主席鲍尔汉率部于9月25、26日先后通电起义，新疆和平解放。
10月中旬，根据中共中央、中央军委指示精神，第一野战军党委决定，由王震率领第一兵团二、六两军挺进新疆。六军进驻北疆，二军沿古丝绸之路西行，向南疆进发。
进军新疆的任务极为紧迫、艰苦。当时，驻新疆国民党军队虽以陶峙岳将军为首宣布起义，但所属部队派系复杂，驻地分散，陶将军难以全面制约，又有特务分子隐蔽其间，蓄意破坏，因此叛乱、抢劫之事时有发生。
同时，帝国主义间谍密谋策划，更是潜藏的动乱祸根。政治、军事形势如此复杂，经济又十分落后，全疆各族人民仍处于水深火热之中。人民解放军能否迅速进疆，及时开展各项工作，直接关系到国家的统一、民族的团结，也关系到新疆几百万各族人民生命财产的稳定和安全。
1949年10月15日下午，郭鹏率领先头部队抵达哈密时，迎接他们的是两个截然不同的场面。一方面驻哈密国民党第一七八旅部分官兵在少数反动军官煽动下，制造了抢劫银行黄金和纵火事件；另一方面是伪装起义的哈密专员、美国特务尧乐博斯，一不安民，二不救火，却在那里张罗宴会，为郭鹏军长“接风”。
面对这两方面的挑战，郭鹏发出的第一道命令是：“出动一切能出动的兵力，扑灭余火安民。”指战员认真执行命令，从废墟余火中救出了受难的群众，给灾民送去了救济粮，从骚乱分子手中追回赃物发还群众；谢绝了尧乐博斯的礼物。
为了严格遵守民族政策和群众纪律，尊重民族习俗，郭鹏派人保护了清真寺；让部队露宿街头、广场，不入民宅；不借用群众炊具。战士们争相为群众打扫卫生，劈柴送水，卫生员为群众治病；对起义部队进行了政策教育；惩办叛乱首恶，教育胁从人员。这样，在很短的时间里，稳定了哈密的社会秩序，安定了人心，使各族人民很快认清了解放军是真正的人民军队，感受到了共产党的温暖。
当第二军四师先头部队抵达鄯善时，当地国民党驻军第六十五旅一九四团三营部分官兵阻挡人民群众欢迎解放军，制造了杀害县长和抢劫市民财产、烧毁民房的恶性事件。郭鹏和王恩茂命令部队立即将三营营部、机枪连和九连全部解除武装，迅即平息了叛乱。
在向南疆进军途中，第二军既要面对国民党顽固势力的阻击，更要迎接恶劣的自然环境的挑战。郭鹏率领主力到距南疆中心城市喀什还有1000多公里的焉耆时，400多辆汽车已有三分之一以上因过于破旧不能继续使用，剩下的还要开回去接运第二梯队。
为了尽快完成进军任务，郭鹏决定徒步前进，毅然走进了茫茫无际的沙漠戈壁。部队不仅缺乏供给，有时十几个小时喝不到水，还要随时迎战狂风和严寒。
1949年11月28日，第二军五师第十五团在阿克苏获悉国民党特务在和田策划武装叛乱的情报。郭鹏立即下令第十五团进军和田。从阿克苏到和田有三条路线：
一条是沿迪（化）和（田）公路经喀什、莎车到和田；
另一条是过巴楚顺叶尔羌河到莎车，再到和田；
第三条是从阿瓦提县沿和田河横穿被称为“死亡之海”的塔克拉玛干大沙漠直奔和田。
前两条路是通行大道，沿途有居民和水，但要绕行，需多走十几天，第十五团毅然选择了第三条路线。他们穿过胡杨林，越过干涸的湖泊，进入浩瀚沙海，历尽千辛万苦，战胜了难以想象的艰难险阻，在流沙上踏出一条生命之路。
部队行至距和田200公里的西尔库勒时接到急信：叛乱分子准备血洗和田。团领导决定组建骑兵分队，向和田疾驰。大部队日夜兼程，于1949年12月22日抵达和田，一举粉碎了敌人的叛乱阴谋。此次军事行动，历时18天，在沙漠戈壁中行程790多公里。彭德怀、习仲勋致电郭鹏、王恩茂，称赞他们创造了史无前例的进军记录。
1949年12月1日，第二军军部在夹道欢呼的人山人海中，在狂欢的歌舞和喇叭声中，进入了南疆首府喀什城。同时，郭鹏、王恩茂很快派出侦察部队，翻越冰山雪岭，直抵阿里边境线，把红旗插上了喀喇昆仑山，插上了帕米尔高原。
至此，广阔的南疆土地上，驱散了几千年的寒冷和黑暗，迎来灿烂的春光。根据中央军委命令，1950年1月，郭鹏任二军军长兼南疆军区司令员。
当时，新疆东南面毗邻的西藏尚未解放，处在英国势力控制之下。1950年春，根据中共中央和毛泽东的指示，新疆军区决定组建第二军独立骑兵师，担负解放西藏阿里地区的任务。
4月，独立骑兵师组建完毕，他们首先组织修建新藏公路。
7月，由二军部队和各族民工共1800多人进入工区，开始勘察施工。在郭鹏、王恩茂等领导的组织下，先遣连137人开始踏上了进军阿里的征途。
于10月30日到达西藏改则县以北的扎麻芒保，从做群众工作着手打开工作局面，进而与阿里噶本政府代表谈判，达成了5条协议。
1951年5月6日，第二军派独立骑兵师组成了进藏先遣支队，于5月28日到达扎麻芒保，与先遣连胜利会合后，即向南挺进。
至8月19日，阿里高原31万平方公里的土地得到解放，升起了五星红旗。
郭鹏、李燕平夫妇
铸剑为犁
1950年春，身兼南疆军区司令员的郭鹏在和田一次干部会上讲：战争年代部队主要是担负战斗队任务，进驻新疆后，还要担任生产队、工作队任务。这种转变是历史的必然。部队除执行守卫边防、维护社会治安和解放藏北高原的战斗队任务外，大部要投入大生产运动。
过去我们打仗的目的是使人民翻身求解放，现在就是要带头参加生产建设，改变贫困落后面貌。他要求大家在新疆安下心、扎下根，响应毛泽东主席的号召，为新疆各族人民多办好事、办实事，在祖国六分之一的土地上干一番翻天覆地的大事业。
曾经在著名的八路军一二○师三五九旅担任过副旅长、旅长，在南泥湾大生产中当过劳动模范的郭鹏，又带领第二军发扬南泥湾精神，用战斗的双手向塔里木盆地千里荒野进军。
自1950年起，从王震、郭鹏、王恩茂两级军区司令员、政治委员到全体指战员，都自力更生，艰苦奋斗，发扬南泥湾精神，投入到农业大生产运动中。郭鹏经常深入各部队检查督促生产。他亲自踏勘荒地，选点定点，足迹遍及塔里木的翰海戈壁。
他以二等乙级残废之躯，积极参加生产劳动，拾粪修渠，开荒挖地，播种收割，植树造林……他还带领干部勘察土地，寻找水源，调查研究当地生产特点，学习当地人民的生产经验，取得第一手资料、经验，对部队进行具体指导。大家夸赞他是一个“铁骨铮铮的硬汉子”。
郭鹏还多方筹集资金，发展新疆的现代工业，甚至把自己的津贴费、菜金等投资于新疆的经济建设。他率领部队节衣缩食，艰苦创业，自己动手，在喀什、莎车、阿克苏、焉耆等地建立了一批工矿企业，修筑公路，整修机场，为新疆经济的发展打下了初步的基础。
1950年这一年，南疆军区所属部队开荒造田30多万亩，当年收获粮食8000余吨。
至1951年，部队基本上做到了粮食、棉花等副食品自给。
到了第三年，开荒播种面积达120余万亩，修筑渠道总长度2300余公里，修建了十八团大渠、胜利渠等重点水利工程，在万顷荒沙上创造出了片片绿洲。同时，在喀什、阿克苏、库尔勒等城镇，兴建了最早的一批厂矿企业；修建了喀什至白杨河、喀什至于田的两条公路，全长2000多公里。
这些生产建设成就，对整个南疆地区的建设事业起了极大的推动作用，为实现新疆财政经济好转作出了很大贡献。更重要的是，使广大少数民族人民看到了人民解放军是诚心诚意为少数民族人民服务的部队，从而使军队在边疆少数民族地区建立了牢不可破的军民情谊。
后来，第二军所属第五师、六师集体就地转业为农业建设第一师、第二师，郭鹏又多次深入这些老部队，开展思想工作，教育指战员战斗当英雄，生产当模范，使他们成为南疆地区生产建设的突击队、主力军。
1954年，根据中央和军委的命令，驻疆人民解放军的大部组建成新疆军区生产建设兵团，执行屯垦戍边的任务，受自治区党委和新疆军区双重领导。郭鹏每年都要抽出1个多月时间到生产兵团蹲点，他的身影经常出现在这支劳动和戍边大军中。
守卫边关
1954年9月，郭鹏被调到南京军事学院战役系学习深造。在3年学习期间，他克服年龄大、文化低、身体健康状况不佳等困难，孜孜不倦地学习军事、政治和文化知识，在各方面都获得很大提高。
1957年9月，郭鹏以优异成绩在南京军事学院毕业。他放弃了留在内地工作的机会，坚决向组织要求重返新疆。他说：“我愿永远战斗在边陲，老死新疆也无怨言。”军委经慎重考虑后，命已授衔陆军中将的郭鹏仍回新疆，任新疆军区副司令员。他如愿以偿地又回到了天山的怀抱。
郭鹏回到新疆军区后，积极致力于部队的革命化、现代化和正规化建设。他与军区其他领导共同研究制订了一系列加强部队建设的措施、方案，召开各种会议，反复动员部署，狠抓落实。他强调指出：“我们过去是在战争中学习战争，现在是和平时期，主要靠教育训练提高部队的战斗力。”他不顾伤病之身，经常深入团队调查研究，指导部队改进训练方法，对部队单兵训练、战术训练、机关司令部训练，和部队大比武练兵活动，提出了一系列符合军事科学的要求，促进了部队战斗力的提高。
1959年，中央军委发出“将军下连当兵”的号召，郭鹏带头响应。当时，他已年过半百，满身伤疤，鬓发斑白，但他满腔热情地带着行李下连当兵，和战士同吃、同住、同操练、同娱乐、同劳动。在训练和执勤中，他以一个普通战士的身份，服从班、排、连各级领导的指挥，同战士们打成一片，给他们理发、缝补衣服，讲革命传统和战斗故事。战士们把他看作自己的“老大哥”，并写诗赞扬他：“当年红军老英雄，今日争当‘五好’兵，‘五同’样样做得好，干劲赛过老黄忠。”
1962年9月，印度军队悍然向中印边境东段“麦克马洪线”以北推进，在西段入侵设点，开枪打死、打伤中国边防人员，制造流血事件。10月20日，印度政府不顾中国政府多次抗议和警告，派出陆军10多个旅的兵力，在中印边境东、西段同时向我发动了大规模的进攻。中共中央和中央军委下令自卫还击，将中印边境西段的作战任务交给新疆军区。
以王恩茂、郭鹏为首的新疆军区领导，立即研究部署作战实施方案。郭鹏慷慨激昂地要求部队“一定要打出国威军威，坚决彻底、全部干净地把侵略者赶出去”。在整个自卫还击作战期间，郭鹏日夜坚守在指挥岗位上，随时了解情况，精心指挥。
作战地区在海拔四五千米以上、气温在摄氏零下40度以下的高寒地带，环境和条件极其艰苦，但部队在郭鹏和前指徐国贤将军的精心指挥下，打得勇猛顽强，在很短的时间里，拔除了入侵印军在西段边界中国领土上设立的43个据点，俘虏了部分印军，缴获了大量武器和军用物资，取得了中印边境西段自卫还击的完全胜利。
同年，外国势力在新疆伊宁市策动一小撮反革命分子进行暴乱，接着又制造了伊、塔边民外逃事件。新疆军区在中共中央、中央军委和自治区党委统一领导下，迅速平息了暴乱，稳定了局势。郭鹏多次亲赴边防，采取一系列措施，加强边防建设，组织军民联防，沿着漫长的边境线，筑起了一道钢铁长城，保卫着祖国的安全。
郭鹏还极为重视国防尖端科技工作。他在工作中尊重知识，爱惜人才，千方百计地调动有特长的各种人才的积极性，为部队革命化、现代化建设，为国防建设事业服务。他对国防尖端科技工作高度重视，对中国核武器试验工作积极支持，对马兰核试验基地的勘察选点、建设和开展工作给予了多方面的支持、配合，亲眼看到了蘑菇云第一次在大漠上空升起，分享了中国在国防尖端科研上取得重大突破的喜悦。
1969年，郭鹏调任兰州军区副司令员。尽管他这时已身患高血压、心脏病等多种疾病，仍然同兰州军区其他领导同志一道，为加强部队革命化、现代化、正规化建设日夜操劳，陕、甘、宁、青4省、区部队驻地和科研单位、基地，他都跑遍了。
他尊重兰州军区其他领导同志，同党委一班人相处得很好，思想上一致，工作上协调。第四十七军从湖南调防兰州军区驻陕西后，为帮助官兵尽快适应新的环境，他住在部队，并前往陕西大荔，协商解决该军的农副业生产用地问题。他对边防建设、战备工作高度重视，不顾年高体弱多病，不听别人劝阻，坚持翻越祁连山，长途跋涉去额济纳旗边防部队检查工作，表现出一股子当年红军将领的革命精神。
民族团结
1957年，郭鹏从南京军事学院返回新疆不久，发现部队不断增加的新战士由于未曾受过系统的民族政策教育，民族政策观念比较淡薄，因而时有违反少数民族风俗习惯的事情发生。他建议军区党委在所属部队中重新进行了一次有关民族政策、民族团结的系统教育，使部队牢固地树立起民族团结的观念，发扬了进疆初期为少数民族大办好事的传统作风，更加密切了军民、军政关系。
正当郭鹏甩开膀子为边疆建设大干苦干的时候，“文化大革命”开始了。由于林彪、“四人帮”不断地干扰、破坏和诬陷，新疆军区领导班子被改组了，郭鹏也不得不离开他艰苦奋斗了20多年的边陲新疆，被调到兰州军区工作。
这时年迈多病的郭鹏心情十分沉重，但他仍以一个共产党人的眼光关注着国家大事，仍以鞠躬尽瘁[cuì]的革命精神做着力所能及的工作，也时刻怀念着战斗在边疆的战友和人民。可遗憾的是，1977年7月10日，郭鹏离开了人世，他的英灵永远安息在兰州黄河之滨的华林山上，守望着他曾经洒下过血汗的这片西部热土。
