弹道导弹打击目标粗略可以分为三个阶段，分别为上升段，一般这阶段会处在国家领空内或者远洋隐蔽地区难以发现，飞行中段，导弹飞出大气层这期间导弹速度较慢需要随时调整导弹姿态飞向目标，末端突防，这个时间段为导弹的俯冲段导弹点火加速重返大气层，加上地心引力最终速度会达到惊人的20~30马赫。

日本的反导拦截主要依靠陆基的爱国者3和海军舰艇的标准III型防空导弹，4艘“金刚”级和2艘“爱宕”级宙斯盾驱逐舰都已经安装这型武器，也成功进行了多次反导拦截试验，具有了一定程度反弹道导弹的能力。

日本全境一共部署了24部48套“爱国者”PAC-3系统，一部分为升级之后的爱国者PAC-2，一部分为全新研制的爱国者PAC-3，其中东京就部署了四套，这型防空系统主要用于防御首都东京及其他大城市等重点目标，应对弹道导弹的末端突防。

每套爱国者PAC3由一部远程相控阵雷达车，一部通讯车，一部中继指挥车，一部电源车，五台导弹发射车组成组成，采用模块化发射箱，比原型一辆发射车仅能装备两枚导弹不同，升级之后可以装填八到十六枚各型导弹。

奥运会期间为防止意外，日本在东京地区部署了数量不少的该型导弹，用于应对来自西方向的弹道导弹威胁，不过这个距离已经是对方导弹的末端，速度已经到了很大的时刻，能不能档下来还不好说。

该型系统使用了新型的AN/MPQ-65有源相控阵雷达，采用双行波管，增强了对目标的搜索，探测，跟踪和识别能力，最大探测距离对RCS一平方米目标为180千米，可100个目标进行跟踪，并制导9枚导弹进行拦截。

爱国者PAC-3防空导弹最大拦截高度20千米，最大拦截距离50千米，最大飞行速度5马赫，采用了半主动雷达制导加主动雷达制导，现在的导弹弹头都是拥有多层弹体，破片攻击可能无法彻底拦截弹头，所以爱国者弹头采用了碰撞杀伤技术，拦截概率大为提升，苏联的核弹拦截弹头是个例外。

不过这型反导系统主要应对的是近程和中程弹道导弹、巡航导弹以及固定翼战斗机等目标，无法拦截大气层内机动变轨的高超声速导弹，而日本又没有采购装备萨德，所以日本自行研制了03式防空系统。

03式防空系统20年在美国的沙导弹靶场进行试射，已经开始列装该系统，整套系统包括4辆发射车、1部多功能相控阵雷达、1个指挥控制中心和1个火控站，每辆发射车上装有六联装发射系统，该型导弹补齐了标准III和爱国者之间的火力空白。

导弹配用单级固体火箭发动机，发动机具有推力矢量系统，战斗部配有近炸和触发引信，导弹长4.9米，弹径0.32米，发射重量0.6吨，有效射程50千米，弹头重量73千克，采用主动雷达制导加红外雷达制导，最大飞行速度达2.5马赫。

后来为了应对西方向的核威慑，日本融入美国的导弹拦截拦截系统（TMD），可以发射标准-3 Block 1A/B型（RIM-161A型），采用碰撞式动能拦截弹头，加入了第三级火箭发动机，最大飞行速度15马赫，最大射程700公里，金刚级驱逐舰鸟海号曾多次进行试射。

后续使用了更先进的“标准-3”Block 2A射程从700公里增大到大约2500公里，射高提升至约1500千米，关机速度达4.5千米/秒，可以对远程弹道导弹进行拦截，同样是安装在海自的舰艇上使用，该型导弹由美国雷神公司和日本三菱重工联合研制产量较大。

该型导弹除了能够对来袭导弹进行打击之外，还可以对太空中的低轨道卫星（也叫近地轨道）进行打击，这个轨道的卫星主要是用于军事层面，利用低轨道卫星容易获得目标物高分辨率图像，在战时除非卫星机动变轨不然容易被摧毁。